La vitesse du courant, la pureté et la profondeur des cours d’eau déterminent les types de faune et de flore qui y évoluent.
Dans les rivières à courant lent comme l’Ouysse, on trouve des espèces comme le Nénuphar jaune et des plantes plus rares comme le Potamot de Fries (espèce menacée) et le Flûteau nageant (espèce protégée).
Les secteurs à eau vive du Lot, de la Dordogne et du Célé hébergent des poissons adaptés au courant comme les Truites Fario, les Vairons et les Chabots.
Dans le Lot et le Célé, le brochet profite des anciens biefs de moulin pour se reproduire.
Du fait de la diversité de ses habitats aquatiques, la Dordogne possède la faune la plus riche. De plus, l’installation de passes et d’ascenseurs à poissons au niveau des barrages a permis aux grands migrateurs (Saumon d’Atlantique, Truite de mer, Alose et Lamproie marine) de remonter cette rivière pour se reproduire.
Outre l’avifaune relativement répandue sur les cours d’eau (Martin-Pêcheur, Cincle plongeur, Héron cendré), la Dordogne héberge le Petit Gravelot et le Chevalier Guignette. Et c’est aussi sur son bassin que l’on retrouve deux vertébrés, l’un protégé et l’autre menacé : la Loutre et la Cistude d’Europe.