Les Causses du Quercy recèlent des centaines de cavités, grottes et igues (mot quercynois désignant les gouffres), creusées dans les calcaires durs. Le Quercy est de ce fait l’un des hauts lieux de la spéléologie en France.
La luminosité atténuée et la forte humidité atmosphérique qui règnent aux entrées des cavités
ou au fond des gouffres offrent des conditions favorables au développement d’une flore particulière : hépatiques (plantes voisines des mousses), mousses et fougères.
Certaines espèces spécifiques, comme la Dorine à feuilles opposées, peuvent ainsi s’y maintenir.
Cette végétation contraste fortement avec celle des milieux secs avoisinants.
À l’intérieur des cavités, la faune sédentaire est limitée à quelques très petites espèces d’invertébrés, dont certaines n’existent que dans le Quercy. La Bythinelle de Padirac est l’un de ces curieux animaux : minuscule mollusque aveugle et dépigmenté, il vit dans la rivière souterraine de Padirac.
Quant aux chauves-souris, ce sont sans aucun doute les plus connues des mammifères qui fréquentent les milieux souterrains. Le Parc naturel régional des Causses du Quercy abrite pour sa part 21 espèces, dont plus de la moitié occupent les cavités souterraines de façon régulière.